Direktorat Jenderal Perhubungan Udara telah menyelesaikan penataan kelembagaan kantor pusat guna memperkuat fungsinya sebagai regulator dibidang Perhubungan Udara dengan menyempurnakan Nomenklatur, tugas pokok dan fungsi Direktorat Jenderal Perhubungan Udara.

Penyempurnaan Nomenklatur, tugas pokok dan fungsi tersebut adalah atas kerjasama antara Direktorat Jenderal Perhubungan Udara dengan Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara yang hasilnya telah disetujui Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara berdasarkan surat Nomor: B/1241/M.PAN/5/2008 Pada tanggal 12 Mei 2008.
 
Selanjutnya Berdasarkan Persetujuan Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara tersebut maka Menteri Perhubungan telah menetapkan Organisasi Direktorat Jenderal Perhubungan Udara tersebut dengan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor 20 tahun 2008 tanggal 30 Mei 2008 tentang Perubahan Kelima atas Peraturan Menteri Perhubungan Nomor KM.43  tahun 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Perhubungan Sebagaimana Telah Diubah Terakhir Dengan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor KM.1 Tahun 2008.

Sebagai Informasi Jumlah/Rekapitulasi Unit Organisasi dan Eselonisasi dilingkungan Kantor Pusat Direktorat Jenderal Perhubungan Udara adalah sama jumlahnya dengan struktur yang lama namun perubahan mendasar adalah pada nomenklatur, tugas pokok dan fungsinya.

Berikut ini adalah Perubahan Struktur Organisasi Direktorat Jenderal Perhubungan Udara:
Sesuai KM.43 Tahun 2005 (Lama):
a. Sekretariat Direktorat Jenderal Perhubungan Udara
b. Direktorat Angkutan Udara
c. Direktorat Keselamatan Pernerbangan
d. Direktorat Sertifikasi Kelaikan Udara
e. Direktorat Teknik Bandar Udara
f.  Direktorat Fasilitas Elektronika dan Listrik Penerbangan

Diganti sesuai KM.20 Tahun 2008 (Baru):
a. Sekretariat Direktorat Jenderal Perhubungan Udara
b. Direktorat Angkutan Udara
c. Direktorat Bandar Udara
d. Direktorat Keamanan Penerbangan
e. Direktorat Navigasi Penerbangan
f.  Direktorat Kelaikan Udara dan Pengoperasian Pesawat Udara

(dari hubud.dephub.go.id)