Penyebab kecelakaan belum diketahui, tapi kementrian transportasi dan penyelidik yang lain percaya bahwa cuaca adalah bagian dari penyebab kecelakaan. Pada saat akan mendarat, Pengendali Lalu Lintas Udara sudah memperingatkan penerbang akan kemungkinan adanya windshear. Windshear adalah perubahan kecepatan dan arah angin yang sangat tiba-tiba. Angin bertiup sampai dengan 72 km/jam di sekitar bandar udara Narita pada saat itu.
Capt. Aryo W., seorang penerbang Indonesia yang tinggal di Jepang mengatakan crosswind (angin dari arah samping) yang keras (kuat) biasanya memang kerap terjadi di seputaran bandar udara yang berada cukup dekat dengan Fujiyama (G. Fuji). Mountain wave Fuji sendiri kalo sedang "ngamuk"efeknya terasa sampai di Haneda/Narita pada ketinggian 10,000 ft ke bawah.
Penerbangan FedEx Flight 80 tersebut datang dari Guang Zhou, Cina, dan akan mendarat di runway A yang merupakan landasan utama untuk pendaratan di bandar udara Narita. Karena kecelakaan tersebut, maka landasan A ditutup dan bandar udara Narita hanya menggunakan landasan B untuk operasinya. 35 penerbangan dari Narita dibatalkan dan 18 penerbangan menuju Narita diarahkan ke bandar udara alternatif yang lain.
Pesawat kargo ini membawa cairan yang mudah terbakar, dapat anda lihat dalam video di website video youtube, bahwa pesawat langsung terbakar pada saat salah satu sayapnya menyentuh daratan. Dibutuhkan waktu 2 jam untuk memadamkan api yang membakar pesawat. Pada sekitar pukul 8 pagi, kedua awak pesawat berhasil diambil dari lokasi dan di konfirmasi kematiannya di rumah sakit terdekat.
Kedua pilot adalah Kevin Kyle Mosley, 54, dan Anthony Stephen Pino, 49, keduanya berkebangsaan Amerika Serikat.
Video menunjukkan bahwa pesawat mendarat dan bounce (mental) kembali dan sayap kiri pesawat menyentuh tanah dengan api yang timbul dari tengah badan pesawat dan asap hitam pekat yang menyelimuti pesawat. Keadaan tersebut tidak memungkinkan untuk kedua awak pesawat untuk keluar dari pesawat seandainya mereka masih hidup pada saat kecelakaan. (sumber www.japantoday.com).
Menurut CNN, tim penyelidik dari NTSB (Komite Keselamatan Transportasi Nasional USA) langsung dikirim ke Jepang untuk bekerja sama membantu penyelidik dari Jepang.
Berita di CNN dapat dilihat di pranala berikut: http://edition.cnn.com/2009/WORLD/asiapcf/03/22/japan.planecrash/index.html#cnnSTCVideo