Bandar udara khusus diatur di dalam Pasal 247 sampai dengan Pasal 252 UURI No.1/2009. Menurut Pasal 247 UURI No.1/2009, dalam rangka menunjang kegiatan tertentu, pemerintah, pemerintah daerah dan/atau badan hukum Indonesia dapat membangun bandar udara khusus setelah mendapat izin pembangunan dari Menteri Perhubungan.

Izin pembangunan bandar udara khusus diberikan oleh Menteri Perhubungan setelah memenuhi persyaratan

(a) bukti kepemilikan dan/atau penguasaan lahan,

(b) rekomendasi yang diberikan oleh pemerintah daerah setempat,

(c) rancangan teknik terinci fasilitas pokok, dan

(d) kelestarian lingkungan⁵².

Pengawasan dan pengendalian pengoperasian bandar udara khusus dilakukan oleh otoritas bandar udara terdekat yang ditetapkan oleh Menteri Perhubungan⁵³. Bandar udara khusus dilarang melayani penerbangan langsung dari dan/atau ke luar negeri, digunakan untuk melayani kepentingan umum, kecuali dalam keadaan tertentu dan bersifat sementara, setelah memperoleh izin dari Menteri Perhubungan⁵⁴.

Bandar udara khusus dapat berubah menjadi bandar udara yang dapat melayani kepentingan umum setelah memenuhi persyaratan ketentuan bandar udara⁵⁵ dan ketentuan lebih lanjut mengenai izin pembangunan dan pengoperasian bandar udara khusus serta perubahan status menjadi bandar udara yang melayani kepentingan umum diatur dengan Peraturan Menteri Perhubungan⁵⁶